A entidade é gerida por uma diretoria que forma o grupo administrativo, onde cada membro tem a sua função específica e não recebe nenhum tipo de pagamento, sendo assim constituída: presidente, vice-presidente, tesoureiro, primeira secretária e segunda secretária. Integra o grupo do corpo administrativo um Membro do Conselho Fiscal, que tem a função de articular junto aos pais e comunidade os aspectos financeiros da entidade.
Atualmente a Casa de Nazaré e Núcleo São Francisco contam com 65 colaboradores, dentre eles educadores, oficineiros, cozinheiras, coordenadores e setor administrativo.
A Instituição também conta com a ajuda de voluntários, encaminhados pela ONG Parceiros Voluntários, e por um Grupo de Apoio dos Amigos da Casa de Nazaré, formado por casais que apoiam e divulgam o trabalho da entidade – esse grupo forma a Comenda da Casa de Nazaré. O grupo de apoio dos Amigos da Casa de Nazaré tem por objetivos:
Apoiar, divulgar e qualificar o atendimento de crianças e adolescentes da Casa de Nazaré;
Apoiar a causa de defesa dos direitos das crianças e adolescentes;
Divulgar e dar credibilidade ao trabalho da Casa de Nazaré – Centro de Apoio ao Menor;
Promover a qualificação do atendimento na Casa, através da captação de recursos financeiros e humano